Izin penyelenggaraan Program Studi dan pendirian Universitas Madako Tolitoli Berdasarkan izin penyelenggaraan dari Departemen Pendidikan Nasional, Dirjen Pendidikan Tinggi berdasarkan SK Menteri Pendidikan Nasional RI Nomor 76/D/O/2001. Universitas Madako Tolitoli yang di selenggarakan oleh Yayasan Pendidikan Tolitoli. Program studi ini merupakan program studi pada Fakultas Peternakan Universitas Madako Tolitoli sejak tahun 2001.

Fakultas Peternakan didirikan pada Tanggal 1 September 2001, dengan Nomor 76/D/O/2001, yang terdiri dari 1 (satu) Program Studi yaitu Peternakan. Fakultas Peternakan Universitas Madako merupakan salah satu fakultas di Universitas Madako yang memiliki struktur organisasi bersifat koordinatif dengan tugas dan fungsi yang jelas dari masing-masing unit. Fakultas Peternakan Universitas Madako dipimpin oleh Dekan